- Принципы и использование биоинформационного анализа

Презентация "Принципы и использование биоинформационного анализа" – проект, доклад

Слайд 1
Слайд 2
Слайд 3
Слайд 4
Слайд 5
Слайд 6
Слайд 7
Слайд 8
Слайд 9
Слайд 10
Слайд 11
Слайд 12
Слайд 13
Слайд 14
Слайд 15
Слайд 16
Слайд 17

Презентацию на тему "Принципы и использование биоинформационного анализа" можно скачать абсолютно бесплатно на нашем сайте. Предмет проекта: Разные. Красочные слайды и иллюстрации помогут вам заинтересовать своих одноклассников или аудиторию. Для просмотра содержимого воспользуйтесь плеером, или если вы хотите скачать доклад - нажмите на соответствующий текст под плеером. Презентация содержит 17 слайд(ов).

Слайды презентации

Секвенирование ДНК. Принципы и использование биоинформационного анализа. Подготовили: Зданович Анна Закревская Татьяна
Слайд 1

Секвенирование ДНК. Принципы и использование биоинформационного анализа.

Подготовили: Зданович Анна Закревская Татьяна

Секвенирование — определение нуклеотидной последовательности фрагмента ДНК путем получения серии комплементарных молекул ДНК, различающихся по длине на одно основание. Размеры секвенируемых участков ДНК обычно не превышают 100 пар нуклеотидов; В результате секвенирования перекрывающихся участков ДНК
Слайд 2

Секвенирование — определение нуклеотидной последовательности фрагмента ДНК путем получения серии комплементарных молекул ДНК, различающихся по длине на одно основание.

Размеры секвенируемых участков ДНК обычно не превышают 100 пар нуклеотидов; В результате секвенирования перекрывающихся участков ДНК, получают последовательности участков генов, целых генов, тотальной мРНК и даже полных геномов организмов;

Методы секвенирования. по Сэнгеру (основан на синтезе изучаемой цепи ДНК in vitro с остановкой синтеза на заданном основании путем присоединения дидезоксинуклеотида). по Максаму-Гилберту (основан на химическом расщеплении ДНК по одному основанию). "плюс-минус" метод. метод "терминатор
Слайд 3

Методы секвенирования

по Сэнгеру (основан на синтезе изучаемой цепи ДНК in vitro с остановкой синтеза на заданном основании путем присоединения дидезоксинуклеотида)

по Максаму-Гилберту (основан на химическом расщеплении ДНК по одному основанию)

"плюс-минус" метод

метод "терминаторов"

Автоматическое

Метод Сэнгера или дидезоксисеквенирование. Метод включает следующие этапы: 1) гибридизация изучаемого фрагмента ДНК с праймером; 2) ферментативный синтез ДНК; 3) денатурация полученных продуктов формамидом (в результате образуются уникальные различающиеся по длине олигонуклеотидные последовательност
Слайд 4

Метод Сэнгера или дидезоксисеквенирование

Метод включает следующие этапы: 1) гибридизация изучаемого фрагмента ДНК с праймером; 2) ферментативный синтез ДНК; 3) денатурация полученных продуктов формамидом (в результате образуются уникальные различающиеся по длине олигонуклеотидные последовательности, содержащие праймер); 4) электрофорез в полиакриламидном геле на четырех дорожках (по числу типов нуклеотидов); 5) анализ результатов на радиоавтографе.;

Секвенирование ДНК по Сэнгеру: "плюс-минус" метод. Матрица - одноцепочечный фрагмент ДНК; Праймер - синтетические олигонуклеотиды или природные субфрагменты; Фермент - фрагмент Кленова ДНК полимеразы I из E.coli.; Метод включает два этапа: 1) полимеразная реакция в присутствии 4-х типов dN
Слайд 5

Секвенирование ДНК по Сэнгеру: "плюс-минус" метод

Матрица - одноцепочечный фрагмент ДНК; Праймер - синтетические олигонуклеотиды или природные субфрагменты; Фермент - фрагмент Кленова ДНК полимеразы I из E.coli.; Метод включает два этапа: 1) полимеразная реакция в присутствии 4-х типов dNTP (1 из них был мечен по альфа-положению фосфата); - в результате получали набор продуктов неполного копирования матричного фрагмента; -смесь очищали от несвязавшихся дезоксинуклеозидтрифосфатов и делили на 8 частей. После чего в «+» системе проводили 4 реакции в присутствии каждого из 4-х типов нуклеотидов, а в «-» системе - в отсутствие каждого из них. В результате, в «-» системе терминация происходила перед dNTP данного типа, а в «+» системе - после него. 2) Полученные 8 образцов разделяли с помощью электрофореза, "считывали" сигнал и определяли последовательность исходной ДНК.

Секвенирование ДНК по Сэнгеру: метод "терминаторов". В основе метода лежит ферментативное копирование с помощью фрагмента Кленова ДНК полимеразы I из E.coli. Праймер - синтетические олигонуклеотиды. Помимо 4-х типов dNTP (один из которых был радиоактивно мечен по альфа положению фосфата) д
Слайд 6

Секвенирование ДНК по Сэнгеру: метод "терминаторов"

В основе метода лежит ферментативное копирование с помощью фрагмента Кленова ДНК полимеразы I из E.coli. Праймер - синтетические олигонуклеотиды. Помимо 4-х типов dNTP (один из которых был радиоактивно мечен по альфа положению фосфата) добавляли еще 1 из 2',3'-дидезоксинуклеозидтрифосфатов (ddATP, ddTTP, ddCTP или ddGTP), который способен включаться в растущую цепь ДНК, но не способен обеспечивать дальнейшее копирование из-за отсутствия 3'-ОН группы. Отношение концентраций dNTP/ddNTP подбирали экспериментально. Таким образом, для определения первичной структуры исследуемого фрагмента ДНК требовалось провести 4 р-ции копирования: по 1 типу терминаторов в каждой из реакций. Полученные продукты разгонялись в полиакриламидном геле на соседних дорожках и по расположению полос определялась последовательность нуклеотидов.

Секвенирование ДНК по Максаму и Гилберту: метод химической деградации. Основа метода - ограниченное расщепление меченого фрагмента ДНК под действием специфических реагентов. Условие - наличие фрагмента ДНК, меченного только по одному концу. В результате 4-6 типов реакций образуется смесь олигонуклео
Слайд 7

Секвенирование ДНК по Максаму и Гилберту: метод химической деградации

Основа метода - ограниченное расщепление меченого фрагмента ДНК под действием специфических реагентов. Условие - наличие фрагмента ДНК, меченного только по одному концу. В результате 4-6 типов реакций образуется смесь олигонуклеотидных молекул, несущих на одном из концов радиоактивную метку. После разделения продуктов реакции в соседних дорожках полиакриламидного геля и этапа радиоавтографии на рентгеновской пленке видна лестница из полос ДНК, "чтение" которой позволяет восстановить последовательность нуклеотидов секвенируемого фрагмента ДНК.

Автоматическое секвенирование ДНК. 2 стадии: 1) проведение терминирующих реакций; 2)разделение продуктов реакций с помощью электрофореза. Автоматическое секвенирование отличается от ручного секвенирования типом используемой метки. Флуоресцентную метку включают либо в праймер, либо в терминатор транс
Слайд 8

Автоматическое секвенирование ДНК

2 стадии: 1) проведение терминирующих реакций; 2)разделение продуктов реакций с помощью электрофореза. Автоматическое секвенирование отличается от ручного секвенирования типом используемой метки.

Флуоресцентную метку включают либо в праймер, либо в терминатор транскрипции

Автоматический секвенатор

Секвенирующий гель и электрофорез. Радиоактивно/флуоресцентно меченные одноцепочечные фрагменты ДНК разделяют с помощью электрофореза в полиакриламидном геле. Гели должны разделять фрагменты, отличающиеся друг от друга на один нуклеотид. Разделение должно проходить в денатурирующих условиях, препятс
Слайд 9

Секвенирующий гель и электрофорез

Радиоактивно/флуоресцентно меченные одноцепочечные фрагменты ДНК разделяют с помощью электрофореза в полиакриламидном геле. Гели должны разделять фрагменты, отличающиеся друг от друга на один нуклеотид. Разделение должно проходить в денатурирующих условиях, препятствующих ренатурации и возникновению вторичных структур у разделяемых фрагментов. В общем случае этим требованиям удовлетворяют 5-8% полиакриламидные гели, содержащие 7М мочевину. Важным условием при проведении э/ф является однородность температуры по всей поверхности геля.

СЕКВЕНАТОРЫ (по типу электрофореза). капиллярные. с помощью гелевых пластинок. (различаются по количеству красителей: 1, 2 или 4)
Слайд 10

СЕКВЕНАТОРЫ (по типу электрофореза)

капиллярные

с помощью гелевых пластинок

(различаются по количеству красителей: 1, 2 или 4)

Биоинформатика – это область науки, разрабатывающая и применяющая вычислительные алгоритмы для систематизации и анализа генетической информации с целью определения молекулярных основ биологических процессов с последующим использованием этих знаний на практике. Под биоинформатикой понимают любое испо
Слайд 11

Биоинформатика – это область науки, разрабатывающая и применяющая вычислительные алгоритмы для систематизации и анализа генетической информации с целью определения молекулярных основ биологических процессов с последующим использованием этих знаний на практике. Под биоинформатикой понимают любое использование компьютеров для обработки биологической информации. В биоинформатике используются методы прикладной математики, статистики и информатики, а также она используется в биохимии, биофизике, экологии и в других областях.

Существуют хранилища любой информации – банки данных. Функции БД: хранение; систематизация; обновление информации; обеспечение доступа к ней. Известны разные БД: 1 - хранят нуклеотидные последовательности генов; 2– аминокислотные последовательности белков; 3 – метаболические карты передачи сигналов,
Слайд 12

Существуют хранилища любой информации – банки данных.

Функции БД: хранение; систематизация; обновление информации; обеспечение доступа к ней.

Известны разные БД: 1 - хранят нуклеотидные последовательности генов; 2– аминокислотные последовательности белков; 3 – метаболические карты передачи сигналов, либо взаимного превращения веществ в клетке; 4 - содержат данные о трехмерном строении молекул; 5 – генетические карты хромосом ;

Исследовательские цели биоинформатики: 1. Анализ геномов, поиск в них генов. 2. Предсказание функции генов. 3. Оценка роли отдельных участков последовательности в функционировании белка. 4. Построение молекулярных моделей белков на основе их последовательностей. 5. Исследование механизма функциониро
Слайд 13

Исследовательские цели биоинформатики: 1. Анализ геномов, поиск в них генов. 2. Предсказание функции генов. 3. Оценка роли отдельных участков последовательности в функционировании белка. 4. Построение молекулярных моделей белков на основе их последовательностей. 5. Исследование механизма функционирования макромолекул, исходя из их моделей. Одной из важнейших задач биоинформатики является обработка данных, получаемых при секвенировании.

В течение многих лет последовательности ДНК были расшифрованы и сохранены в БД. Со временем вручную стало невозможным анализировать такое количество информации, поэтому в наши дни используются компьютерные программы, которые сопоставляют (выравнивают) похожие последовательности ДНК в геномах разных
Слайд 14

В течение многих лет последовательности ДНК были расшифрованы и сохранены в БД. Со временем вручную стало невозможным анализировать такое количество информации, поэтому в наши дни используются компьютерные программы, которые сопоставляют (выравнивают) похожие последовательности ДНК в геномах разных видов. Один из вариантов такого выравнивания применяется при процессе секвенирования, так называемая техника «дробного секвенирования» Этот метод быстро даёт результаты секвенирования, но сборка фрагментов является довольно сложной задачей для больших геномов.

Вычислительная эволюционная биология. Эволюционная биология исследует происхождение и появление видов и их развитие с течением времени. Информатика помогает эволюционным биологам в нескольких аспектах: 1. изучать эволюцию большого числа организмов, измеряя изменения в их ДНК, а не только в строении
Слайд 15

Вычислительная эволюционная биология

Эволюционная биология исследует происхождение и появление видов и их развитие с течением времени. Информатика помогает эволюционным биологам в нескольких аспектах: 1. изучать эволюцию большого числа организмов, измеряя изменения в их ДНК, а не только в строении или физиологии; 2. сравнивать целые геномы; 3. строить компьютерные модели популяций, чтобы предсказать поведение системы во времени; 4. отслеживать появление публикаций, содержащих информацию о большом количестве видов.

Где используются достижения биоинформатики?
Слайд 16

Где используются достижения биоинформатики?

Спасибо за внимание!!!
Слайд 17

Спасибо за внимание!!!

Список похожих презентаций

Принципы построения компьютерных сетей.

Принципы построения компьютерных сетей.

КОМПЬЮТЕРНАЯ СЕТЬ. Территориальная распространенность. . Тип среды передачи информации. КОАКСИЛЬНЫЙ КАБЕЛЬ. «ВИТАЯ ПАРА». ОПТОВОЛОКОННЫЙ КАБЕЛЬ. Топология ...
Принципы проведения таможенного контроля

Принципы проведения таможенного контроля

1. Принципы проведения таможенного контроля. Таможенный контроль - это совокупность мер, которые осуществляются таможенными органами, в том числе ...
Принципы и методы управления проектами

Принципы и методы управления проектами

Краткая история методологии управления проектами. 1917 г. массовое распространение получили работы Ганта (общеизвестные диаграммы) сер. 50-х годов ...
Принципы лечения преэклампсии и эклампсии, hellp- синдром

Принципы лечения преэклампсии и эклампсии, hellp- синдром

Общие принципы. У пациентки с клиникой тяжелой преэклампсии до родоразрешения основной задачей является стабилизация состояния, профилактика развития ...
Типы архитектур вычислительных систем. Архитектура ЭВМ по фон Нейману. Гарвардская архитектура ЭВМ. Принципы фон Неймана

Типы архитектур вычислительных систем. Архитектура ЭВМ по фон Нейману. Гарвардская архитектура ЭВМ. Принципы фон Неймана

Существует два типа архитектуры микропроцессорных систем: архитектура с общей, единой шиной для данных и команд (одношинная, или принстонская, фон-неймановская ...
История создания математического анализа

История создания математического анализа

Математи́ческий ана́лиз — совокупность разделов математики, посвящённых исследованию функций и их обобщений методами дифференциального и интегрального ...
Органические удобрения, их виды и эффективное использование

Органические удобрения, их виды и эффективное использование

Органические удобрения — удобрения, содержащие элементы питания растений преимущественно в форме органических соединений. (Это свежие или биологически ...
Продукты пчеловодства и использование их в жизни человека

Продукты пчеловодства и использование их в жизни человека

Пчел можно бояться и ненавидеть, но мало тех, кто откажется попробовать пчелиный мед. Мед, прополис, перга и пчелиный яд являются очень хорошими лекарственными ...
Методика анализа оплаты труда

Методика анализа оплаты труда

Управление оплатой труда в условиях рыночной экономики базируется на концепции затрат на прирост прибыли, согласно которой каждая дополнительная единица ...
Методы анализа ДНК

Методы анализа ДНК

Что такое ДНК - диагностика. ДНК-диагностика - это совокупность методов и технологий, которые позволяют выявлять повреждения в определенном гене человека, ...
Коррекция заикания у детей с использование метода БОС

Коррекция заикания у детей с использование метода БОС

Введение. Заикание является сложным дефектом не только по своей структуре, но и по организации коррекционных мероприятий. Важным направлением в коррекции ...
Коммерческое использование объектов интеллектуальной собственности

Коммерческое использование объектов интеллектуальной собственности

Интеллектуальная собственность – совокупность личных и имущественных прав на результаты интеллектуальной творческой деятельности, принадлежащих автору, ...
Клиническое течение нормальных родов. Принципы управления родовым актом

Клиническое течение нормальных родов. Принципы управления родовым актом

«Ребенка рожают не врачи, не акушерки, не администраторы больницы, не изобретатели монитора и других механизмов или лекарств, а его рожает мать. Для ...
Принципы ценообразования

Принципы ценообразования

Комплекс маркетинга «4Р» Обозначение «4Р» в переводе с англ. расшифровывается как: Price (цена); Product (товар); Placement (распределение); Promotion ...
Основы инвестиционного анализа

Основы инвестиционного анализа

К финансовым можно отнести решение вопросов о том, из каких источников, в каком объеме и на каких условиях можно финансировать долгосрочные инвестиции. ...
Принципы, функции и инструменты маркетинга

Принципы, функции и инструменты маркетинга

1. Принципы и функции маркетинга. Маркетинг -. вид человеческой деятельности, направленной на удовлетворение нужд и потребностей человека посредством ...
Потенциометрический метод анализа

Потенциометрический метод анализа

Электрохимические методы. Электрохимические методы анализа и исследования основаны на изучении и использовании процессов, протекающих на поверхности ...
Состав и использование земельного фонда России

Состав и использование земельного фонда России

МОДУЛЬ 1. СОДЕРЖАНИЕ И ФОРМЫ ЗЕМЛЕПОЛЬЗОВАНИЯ. Тема 1.3. Состав и использование земельного фонда России Вопросы: Категории земель Структура земель ...
Принципы генной инженерии микроорганизмов

Принципы генной инженерии микроорганизмов

Генетическая инженерия (генная инженерия) — совокупность приёмов, методов и технологий получения рекомбинантных    РНК    и ДНК, выделения генов из организма ...
Топливо и его использование

Топливо и его использование

Состав твердого топлива. Рабочая масса топлива – это его состав при подаче в топочное устройство для сжигания. Технический состав рабочей массы топлива ...

Советы как сделать хороший доклад презентации или проекта

  1. Постарайтесь вовлечь аудиторию в рассказ, настройте взаимодействие с аудиторией с помощью наводящих вопросов, игровой части, не бойтесь пошутить и искренне улыбнуться (где это уместно).
  2. Старайтесь объяснять слайд своими словами, добавлять дополнительные интересные факты, не нужно просто читать информацию со слайдов, ее аудитория может прочитать и сама.
  3. Не нужно перегружать слайды Вашего проекта текстовыми блоками, больше иллюстраций и минимум текста позволят лучше донести информацию и привлечь внимание. На слайде должна быть только ключевая информация, остальное лучше рассказать слушателям устно.
  4. Текст должен быть хорошо читаемым, иначе аудитория не сможет увидеть подаваемую информацию, будет сильно отвлекаться от рассказа, пытаясь хоть что-то разобрать, или вовсе утратит весь интерес. Для этого нужно правильно подобрать шрифт, учитывая, где и как будет происходить трансляция презентации, а также правильно подобрать сочетание фона и текста.
  5. Важно провести репетицию Вашего доклада, продумать, как Вы поздороваетесь с аудиторией, что скажете первым, как закончите презентацию. Все приходит с опытом.
  6. Правильно подберите наряд, т.к. одежда докладчика также играет большую роль в восприятии его выступления.
  7. Старайтесь говорить уверенно, плавно и связно.
  8. Старайтесь получить удовольствие от выступления, тогда Вы сможете быть более непринужденным и будете меньше волноваться.