» » » Системная биология - модели

Презентация на тему Системная биология - модели

tapinapura

Презентацию на тему Системная биология - модели можно скачать абсолютно бесплатно на нашем сайте. Предмет презентации : Биология. Красочные слайды и илюстрации помогут вам заинтересовать своих одноклассников или аудиторию. Для просмотра содержимого презентации воспользуйтесь плеером, или если вы хотите скачать презентацию - нажмите на соответствующий текст под плеером. Презентация содержит 17 слайдов.

скачать презентацию

Слайды презентации

Слайд 1: Презентация Системная биология - модели
Слайд 1

Системная биология - модели

М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс

Слайд 2: Презентация Системная биология - модели
Слайд 2

системная биология - модели

потоковые линейное программирование эксперименты Виткуп Палссон – необычные источники Палссон – мутанты кинетические – метаболизм регуляторные

Слайд 3: Презентация Системная биология - модели
Слайд 3

Потоковые модели – стационарное состояние

Задаем список реакций (стехиометрические соотношения) Задаем балансы метаболитов (синтезируется столько же, сколько расходуется) Задаем другие ограничения (состав среды) Максимизируем производство биомассы (её состав задан) или чего-то еще (АТФ) Это сводится к задаче линейного программирования: выпуклый многогранник задан линейными ограниченими типа равенств (балансы) и неравенств (положительные потоки), надо максимизировать линейный функционал

Слайд 4: Презентация Системная биология - модели
Слайд 4

Уравнения баланса

Слайд 5: Презентация Системная биология - модели
Слайд 5

Пространство решений

Слайд 6: Презентация Системная биология - модели
Слайд 6

Что получается (кишечная палочка)

заведомо таким образом можно предсказать принципиальные ограничения на выход продукта – полезно для биотехнологии Удовлетворительно предсказываются потоки в стационарном состоянии если лимитирует углерод если лимитирует азот – хуже потоки при необычном источнике углерода предсказываются хуже но хорошо после того, как на этом источнике жило много поколений – приспособление за счет регуляции?

Слайд 7: Презентация Системная биология - модели
Слайд 7

мутанты

фенотип предсказывается хорошо – но не надо было огород городить, достаточно рассмотреть топологию карты метаболических путей (если в результате мутации сильно удлинились пути до необходимых метаболитов, скажем, входящих в биомассу, то такой мутант не живет) к тому же тут внутреннее противоречие – данные о реакциях принципиально неполны, пропущенная (отсутствующая в списке) реакция полностью эквивалентна мутации и впрямь, находили новые реакции (в кишечной палочке) потоки предсказываются плохо, но: надо смотреть не глобальный экстремум, а точку в многограннике, ближайшую к старому экстремуму – тогда все правильно приличные предсказания, если прошло много поколений – приспособления за счет регуляции?

Слайд 8: Презентация Системная биология - модели
Слайд 8

кинетические модели

система дифференциальных уравнений, описывающих реакции их (изолированного) пути

Слайд 9: Презентация Системная биология - модели
Слайд 9

пример (абстрактный)

Слайд 10: Презентация Системная биология - модели
Слайд 10

система уравнений

Слайд 11: Презентация Системная биология - модели
Слайд 11

разные виды кинетических уравнений

Слайд 12: Презентация Системная биология - модели
Слайд 12

пример (реальный) – синтез лизина в Corynebacterium glutamicum

Слайд 13: Презентация Системная биология - модели
Слайд 13

кинетические уравнения

фосфоенолпируват карбоксикиназа пируват карбоксилаза L-аспартат амино- трансфераза

Слайд 14: Презентация Системная биология - модели
Слайд 14

проблемы

сложно как вычислительно, так и (главное) содержательно основные проблемы помимо вычислительной сложности неустойчивые системы диф. ур. много параметров, часто не известных оценка параметров прямая (редко) косвенная – подгон решений под известный ответ (например, по зависимости концентраций веществ) – минимизация отклонения правила гигиены: оставить часть экспериментальных данных (не использовать при подгонке), потом проверить, насколько хорошо они воспроизводятся

Слайд 15: Презентация Системная биология - модели
Слайд 15

результаты

при аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций, оптимизировать систему, предсказать эффект замены ферментов (изменения констант, снятия ингибирования и т.п.)

Слайд 16: Презентация Системная биология - модели
Слайд 16

кинетический анализ регуляции

то же самое, только меряют концентрации факторов транскрипции, образующих регуляторную сеть нет хороших результатов

Слайд 17: Презентация Системная биология - модели
Слайд 17

Список похожих презентаций

  • Яндекс.Метрика
  • Рейтинг@Mail.ru