Презентация "Деревья (trees)" (7 класс) – проект, доклад

Слайд 1
Слайд 2
Слайд 3
Слайд 4
Слайд 5
Слайд 6
Слайд 7
Слайд 8
Слайд 9
Слайд 10
Слайд 11
Слайд 12
Слайд 13
Слайд 14
Слайд 15
Слайд 16
Слайд 17
Слайд 18
Слайд 19
Слайд 20
Слайд 21
Слайд 22

Презентацию на тему "Деревья (trees)" (7 класс) можно скачать абсолютно бесплатно на нашем сайте. Предмет проекта: Иностранный язык. Красочные слайды и иллюстрации помогут вам заинтересовать своих одноклассников или аудиторию. Для просмотра содержимого воспользуйтесь плеером, или если вы хотите скачать доклад - нажмите на соответствующий текст под плеером. Презентация содержит 22 слайд(ов).

Слайды презентации

Деревья (trees). «…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами» Ч. Дарвин
Слайд 1

Деревья (trees)

«…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами» Ч. Дарвин

Задача построения филогенетического дерева. The time will come, I believe, though I shall not live to see it, when we shall have fairly true genealogical trees of each great kingdom of Nature. Charles Darwin. Математическая задача – задача кластеризации, использование теории графов и комбинаторной о
Слайд 2

Задача построения филогенетического дерева

The time will come, I believe, though I shall not live to see it, when we shall have fairly true genealogical trees of each great kingdom of Nature.

Charles Darwin

Математическая задача – задача кластеризации, использование теории графов и комбинаторной оптимизации для того, чтобы на основе «грязных» биологических данных получить разумное с точки зрения эксперта-биолога дерево.

Биологические задачи – сравнение 3-х и более объектов (кто на кого более похож .... ) реконструкция эволюции (кто от кого, как и когда произошел…)

Реальные события : Данные: Построенное дерево. эволюция в природе или в например, древовидный граф, лаборатории, а.к. последо- вычисленный на основе компьютерная симуляция вательности или данных, может количество отражать или не усиков отражать реальные события. >Seq4 GCGCTGFKI . . . . . >Seq1
Слайд 3

Реальные события : Данные: Построенное дерево

эволюция в природе или в например, древовидный граф, лаборатории, а.к. последо- вычисленный на основе компьютерная симуляция вательности или данных, может количество отражать или не усиков отражать реальные события

>Seq4 GCGCTGFKI . . . . . >Seq1 ASGCTAFKL . . . >Seq3 GCGCTLFKI A -> G I -> L

Будни биоинформатика – деревья, деревья…
Слайд 4

Будни биоинформатика – деревья, деревья…

Рутинная процедура. Составление выборки последовательностей Множественное выравнивание Построение дерева фрагмент записи в виде правильной скобочной структуры: Визуализация и редактура дерева. (((((con101:38.51018,(f53969:28.26973,((f67220:8.39851, max4:27.50591):4.92893,con92:30.19677):13.62315):9.
Слайд 5

Рутинная процедура

Составление выборки последовательностей Множественное выравнивание Построение дерева фрагмент записи в виде правильной скобочной структуры: Визуализация и редактура дерева

(((((con101:38.51018,(f53969:28.26973,((f67220:8.39851, max4:27.50591):4.92893,con92:30.19677):13.62315):9.53075):25.83145,

Основные термины
Слайд 6

Основные термины

Какие бывают построенные деревья? Бинарное разрешенное (в один момент времени может произойти одно событие ). Бинарное неразрешенное (может ли в один момент времени произойти два события? ). Время
Слайд 7

Какие бывают построенные деревья?

Бинарное разрешенное (в один момент времени может произойти одно событие )

Бинарное неразрешенное (может ли в один момент времени произойти два события? )

Время

Укорененное ориентированное дерево отражает направление эволюции. Неукорененное (бескорневое) неориентированное дерево показывает только связи между узлами. Если число листьев равно n, существует (2n-3)!! разных бинарных укоренных деревьев. (2n-3)!! – это нечто вроде факториала, но учитываются тольк
Слайд 8

Укорененное ориентированное дерево отражает направление эволюции

Неукорененное (бескорневое) неориентированное дерево показывает только связи между узлами

Если число листьев равно n, существует (2n-3)!! разных бинарных укоренных деревьев. (2n-3)!! – это нечто вроде факториала, но учитываются только четные числа.

Существует (2n-5)!! разных бескорневых деревьев с n вершинами

A B C D … 15 rooted trees of 4 OTUs 3 OTUs 4 OTUs UNROOTED ROOTED
Слайд 9

A B C D … 15 rooted trees of 4 OTUs 3 OTUs 4 OTUs UNROOTED ROOTED

Искусственный способ укоренения деревьев. Бескорневое дерево можно «укоренить», если ввести внешнюю группу OTU (outgroup). Внешния группа должна быть "старше", т.е. заведомо отделиться раньше, чем произошла дивергенция остальных OTU.
Слайд 10

Искусственный способ укоренения деревьев

Бескорневое дерево можно «укоренить», если ввести внешнюю группу OTU (outgroup). Внешния группа должна быть "старше", т.е. заведомо отделиться раньше, чем произошла дивергенция остальных OTU.

Какие бывают построенные деревья ? Расстояние по дереву не то же самое, что эволюционное расстояние между данными Ультраметрические деревья Корневое дерево, в котором для любых листьев i и j расстояние D(i,j) – метка наименьшего общего предка i и j . В таком дереве все листья находятся на одинаковом
Слайд 11

Какие бывают построенные деревья ?

Расстояние по дереву не то же самое, что эволюционное расстояние между данными Ультраметрические деревья Корневое дерево, в котором для любых листьев i и j расстояние D(i,j) – метка наименьшего общего предка i и j . В таком дереве все листья находятся на одинаковом от корня, что соответствует одинаковой скорости эволюции всех ветвей Аддитивные деревья Дерево, в котором для любых вершин i и j расстояние D(i,j) – это эволюционный путь от i к j . При этом расстояния от i и от j до их наименьшего общего предка могут сильно различаться. Другие …

аддитивные

ультраметрические

Вообще говоря, строгое решение задачи построения аддитивного дерева невозможно (следует из свойства задачи)

Филограмма: Длина ребер пропорциональна эволюционному расстоянию между узлами. Кладограмма: представлена только топология, длина ребер игнорируется. 0.1 substitutions per site Arabidopsis Caenorhabditis Drosophila Anopheles Tenebrio Trout Mus. Как можно нарисовать построенное дерево?
Слайд 12

Филограмма: Длина ребер пропорциональна эволюционному расстоянию между узлами.

Кладограмма: представлена только топология, длина ребер игнорируется.

0.1 substitutions per site Arabidopsis Caenorhabditis Drosophila Anopheles Tenebrio Trout Mus

Как можно нарисовать построенное дерево?

Основные алгоритмы построения филогенетических деревьев. Методы, основанные на оценке расстояний (матричные методы): Вычисляются эволюционные расстояния между всеми вершинами (OTUs) и строится дерево, в котором расстояния между вершинами наилучшим образом соответствуют матрице попарных расстояний. U
Слайд 13

Основные алгоритмы построения филогенетических деревьев

Методы, основанные на оценке расстояний (матричные методы): Вычисляются эволюционные расстояния между всеми вершинами (OTUs) и строится дерево, в котором расстояния между вершинами наилучшим образом соответствуют матрице попарных расстояний. UPGMA (Unweighted Pair Group with Arithmetic Mean) Ближайших соседей (Neighbor-joining, NJ)

Символьно-ориентированные методы: Наибольшего правдоподобия, Maximum likelihood, ML Используется модель эволюции и строится дерево, которое наиболее правдоподобно при данной модели Максимальной экономии (бережливости), maximum parsimony, MP Выбирается дерево с минимальным количеством мутаций, необходимых для объяснения данных

Методы, основанные на оценке расстояний. Дано: М – матрица n x n, где Mij>=0 , Mij – эволюционное расстояние между листьями (OTU). Задача: Построить реберно взвешенное (an edge-weighted) дерево, где каждая вершина (лист) соответствует объекту из M , а расстояние, измеренное по дереву между вершин
Слайд 14

Методы, основанные на оценке расстояний

Дано: М – матрица n x n, где Mij>=0 , Mij – эволюционное расстояние между листьями (OTU). Задача: Построить реберно взвешенное (an edge-weighted) дерево, где каждая вершина (лист) соответствует объекту из M , а расстояние, измеренное по дереву между вершинами (листьями) i and j соответствует Mij.

UPGMA (алгоритм последовательной кластеризации). Выбираем 2 наиболее похожие вершины a, c. Строим новый узел k такой, что D(a,k)=D(b,k)=D(a,c)/2. Пересчитываем матрицу попарных расстояний : D(b, a or c) = [ D(b,a) + D(b,c) ] /2 = (8+9)/2=8.5 D(d, a or c) = [ D(d,a) + D(d,c) ] /2=(12+11)/2=11.5 Повто
Слайд 15

UPGMA (алгоритм последовательной кластеризации)

Выбираем 2 наиболее похожие вершины a, c. Строим новый узел k такой, что D(a,k)=D(b,k)=D(a,c)/2. Пересчитываем матрицу попарных расстояний : D(b, a or c) = [ D(b,a) + D(b,c) ] /2 = (8+9)/2=8.5 D(d, a or c) = [ D(d,a) + D(d,c) ] /2=(12+11)/2=11.5 Повторяем процедуру…. В конце концов получаем единственное ультраметрическое укорененное дерево =11.5

Не пользуйтесь UPGMA! Алгоритм строит ультраметрическое дерево, а это означает, что скорость эволюции одинакова для всех ветвей дерева. Использовать этот алгоритм имеет смысл только в случае ультраметрических данных (объектов эволюционирующих с одинаковой скоростью). реальное c точки зрения UPGMA эк
Слайд 16

Не пользуйтесь UPGMA!

Алгоритм строит ультраметрическое дерево, а это означает, что скорость эволюции одинакова для всех ветвей дерева. Использовать этот алгоритм имеет смысл только в случае ультраметрических данных (объектов эволюционирующих с одинаковой скоростью). реальное c точки зрения UPGMA эксперта дерево

Метод ближайших соседей (Neighbor-joining, NJ). 1. Рисуем «звездное» дерево и будем "отщипывать" от него по паре вершин, рассмотрим все возможные пары вершины. пусть - «среднее» расстояние до других вершин. 2. Выберем 2 вершины i и j с минимальным значением Mij – ui –uj т.е. выбираем 2 узл
Слайд 17

Метод ближайших соседей (Neighbor-joining, NJ)

1. Рисуем «звездное» дерево и будем "отщипывать" от него по паре вершин, рассмотрим все возможные пары вершины. пусть - «среднее» расстояние до других вершин. 2. Выберем 2 вершины i и j с минимальным значением Mij – ui –uj т.е. выбираем 2 узла, которые близки друг к другу, но далеки ото всех остальных.

3. Кластер (i, j) – новый узел дерева Расстояние от i или от j до узла (i,j): di, (i,j) = 0.5(Mij + ui-uj) dj, (i,j) = 0.5(Mij + uj-ui) т.е. длина ветви зависит от среднего расстояния до других вершин. 4. Вычисляем расстояние от нового кластера до всех других M(ij)k = Mik+Mjk – Mij 2 5. В матрице М
Слайд 18

3. Кластер (i, j) – новый узел дерева Расстояние от i или от j до узла (i,j): di, (i,j) = 0.5(Mij + ui-uj) dj, (i,j) = 0.5(Mij + uj-ui) т.е. длина ветви зависит от среднего расстояния до других вершин. 4. Вычисляем расстояние от нового кластера до всех других M(ij)k = Mik+Mjk – Mij 2 5. В матрице М убираем i и j и добавляем (i, j). Повторяем, пока не останутся 2 узла......

Строит бескорневое аддитивное дерево Может работать с большим количеством данных Достаточно быстрый алгоритм Хорошо зарекомендовал себя на практике: если есть недвусмысленное с точки зрения эксперта дерево, то оно будет построено. Используется при множественном выравнивании с помощью программы Clust
Слайд 19

Строит бескорневое аддитивное дерево Может работать с большим количеством данных Достаточно быстрый алгоритм Хорошо зарекомендовал себя на практике: если есть недвусмысленное с точки зрения эксперта дерево, то оно будет построено. Используется при множественном выравнивании с помощью программы ClustalW Могут появиться ветви с длиной

Достоверность топологии. Bootstraps. Создадим псевдоданные: N множественных выравниваний той же длины, что и исходное, каждое из псевдовыравниваний - случайный набор столбцов из исходного. Построим N деревьев: на каждом внутреннем узле отметим долю случаев из N, в которых появлялся этот узел. Обычно
Слайд 20

Достоверность топологии. Bootstraps.

Создадим псевдоданные: N множественных выравниваний той же длины, что и исходное, каждое из псевдовыравниваний - случайный набор столбцов из исходного. Построим N деревьев: на каждом внутреннем узле отметим долю случаев из N, в которых появлялся этот узел. Обычно верят в топологию, если метки узлов на бутстрепном дереве больше 70-80% . Если меньше 30%, то не верим. В иных случаях – думаем…

Есть множественное выравнивание и построенное по нему дерево. Верим ли мы в топологию дерева?

Human Chimp Gorilla Orangutan Gibbon Traditional Molecular
Слайд 21

Human Chimp Gorilla Orangutan Gibbon Traditional Molecular

Trees. plagiarized by Chuck Staben, 1998 Sergeant Joyce Kilmer, 1914
Слайд 22

Trees

plagiarized by Chuck Staben, 1998 Sergeant Joyce Kilmer, 1914

Список похожих презентаций

Грамматические особенности русского и английского языков

Грамматические особенности русского и английского языков

Интеграция - integration - объединение в целое каких- либо частей. Интегрированный - integrated – объединённый. Аналогия - analogy – сходство, подобие ...
Гранжеры.Английский язык

Гранжеры.Английский язык

One of the oldest subcultures is granžery, they emerged under the influence of the musical direction of grunge in the 1990-1991year. Its ancestor, ...
Английский язык для туристов

Английский язык для туристов

Начнем в алфавитном порядке: Австралия. Англия. Голландия. Дания. Ирландия. Канада. Мальта. Новая Зеландия. Норвегия. США. И далее до…. Ямайки! Английский ...
Зачем изучать иностранные языки?

Зачем изучать иностранные языки?

При приёме на работу. Продавец. Дипломат. Гид-переводчик. Программист. Предприниматели. Педагоги. Модели. Полиглоты. Полиглот – человек, владеющий ...
Английский язык для тинейджеров. Совершенствуй английский!

Английский язык для тинейджеров. Совершенствуй английский!

Весь мир говорит по-английски! Английский язык - один из самых распространенных языков мира: 1,5 миллиарда людей жителей Земли говорят по-английски ...
Английский язык в 1 классе

Английский язык в 1 классе

Актуальность темы:. Знание английского языка очень важно в современном обществе. Очень важно и продуктивно начинать обучение иностранному языку в ...
Английский язык в деловой и межкультурной сферах общения

Английский язык в деловой и межкультурной сферах общения

Цель: обучение основам делового общения в устной и письменной форме в типичных ситуациях (знакомство, разговор по телефону, корпоративная культура ...
Английский язык

Английский язык

Определение Условные предложения НУЛЕВОГО типа Условные предложения ПЕРВОГО типа Условные предложения ВТОРОГО типа Условные предложения ТРЕТЬЕГО типа ...
Английский язык «Enjoy English»

Английский язык «Enjoy English»

Полностью завершен курс для 2-11 классов, который включает все компоненты и модули для обучения английскому языку на базовом уровне общеобразовательной ...
Английский язык

Английский язык

В последние годы в связи с расширением международных контактов в наше окружение проникает все больше элементов иностранной речи, особенно английской: ...
Английский язык

Английский язык

REFLECTION: What have you remembered on the lesson today? What was new for you? What lexical material have you memorized today? What information was ...
Английский язык

Английский язык

Прогуляемся по Англии! 1 . Знаменитый магазин игрушек - Hamleys 2. Самая длинная река - Темза 3. Популярный парк - Hyde park 4. Самый старый мост ...
Английский язык Экологические проблемы

Английский язык Экологические проблемы

Аннотация Проект выполнен на английском языке, что способствует развитию и совершенствованию коммуникативных навыков учащихся. Работа над проектом ...
Английский язык в фокусе

Английский язык в фокусе

Подготовительный период (3 недели) Распределяли команды, тянули жребий, определяли порядок выступления, номер модуля. Приветствие детей, жюри, гостей ...
Зачем нужен английский язык

Зачем нужен английский язык

В настоящее время английский язык изучают многие, прекрасно понимая, что знание этого языка необходимо. Очевидно, что зачем нам нужен английский язык ...
Мой английский язык

Мой английский язык

One, two, three, four, Mary at the cottage door, Five, six, seven, eight Eating cherries off a plate. Выучите считалочку. 1 2 3 4 5 6 7 8. Один, два, ...
Интересные темы для практики языка, культуры и последней задачи

Интересные темы для практики языка, культуры и последней задачи

Избираете ваше увлечение и найдете интересные форму языка, как монолог из фильма, текст из рассказов (сказок) , фразы из интернета, песня, и стихи... ...
Английский - самый популярный язык

Английский - самый популярный язык

Вряд ли кто знает ! И вряд ли кто-то знает, и даже может себе представить, что когда то английский язык был языком для черни, даже в самой Великобритании. ...
Мой английский язык

Мой английский язык

LESSON 1 ПРИВЕТСТВИЕ. Hello! –Hi (Хэлоу! –Хай!) Здравствуй! – Привет! How are you? (Хау а ю?) Как дела? I am fine. Thank you. (Ай эм файн, сенк ю) ...
Мой английский язык

Мой английский язык

Бегут спортсмены разных стран Бежать – запомни, будет run (ран). Шумит, ликует стадион При свете ярких ламп. Отлично прыгнул чемпион! А прыгать будет ...

Советы как сделать хороший доклад презентации или проекта

  1. Постарайтесь вовлечь аудиторию в рассказ, настройте взаимодействие с аудиторией с помощью наводящих вопросов, игровой части, не бойтесь пошутить и искренне улыбнуться (где это уместно).
  2. Старайтесь объяснять слайд своими словами, добавлять дополнительные интересные факты, не нужно просто читать информацию со слайдов, ее аудитория может прочитать и сама.
  3. Не нужно перегружать слайды Вашего проекта текстовыми блоками, больше иллюстраций и минимум текста позволят лучше донести информацию и привлечь внимание. На слайде должна быть только ключевая информация, остальное лучше рассказать слушателям устно.
  4. Текст должен быть хорошо читаемым, иначе аудитория не сможет увидеть подаваемую информацию, будет сильно отвлекаться от рассказа, пытаясь хоть что-то разобрать, или вовсе утратит весь интерес. Для этого нужно правильно подобрать шрифт, учитывая, где и как будет происходить трансляция презентации, а также правильно подобрать сочетание фона и текста.
  5. Важно провести репетицию Вашего доклада, продумать, как Вы поздороваетесь с аудиторией, что скажете первым, как закончите презентацию. Все приходит с опытом.
  6. Правильно подберите наряд, т.к. одежда докладчика также играет большую роль в восприятии его выступления.
  7. Старайтесь говорить уверенно, плавно и связно.
  8. Старайтесь получить удовольствие от выступления, тогда Вы сможете быть более непринужденным и будете меньше волноваться.

Информация о презентации

Ваша оценка: Оцените презентацию по шкале от 1 до 5 баллов
Дата добавления:25 октября 2018
Классы:
Содержит:22 слайд(ов)
Поделись с друзьями:
Скачать презентацию
Смотреть советы по подготовке презентации